从跨境电子商务运行实践来看，各监管职能部门之间不协同、跨境电商企业运作不规范等问题日益凸显，电商主体要求解决“通关难、退税难、结汇难”的呼声强烈。当前经常项目外汇管理按照交易性质和交易主体（即货物、服务、个人）出台了单项政策法规，因此对于跨境电子商务交易的监管政策散见于货物、服务、个人方面的单项法规，以及国际收支申报、第三方支付的相关制度文件，尚未有专门针对跨境电子商务的政策法规。同时，随着外汇管理改革的深入推进，事前向事后、审批向监测的管理模式转变进一步提高了交易主体的便利化程度，因此跨境电子商务外汇管理要置于事后监测的统筹管理中。但由于跨境电子商务较传统交易模式涉及业务范围更广、交易主体更多、监管部门更多头、业务模式更复杂，使得与外汇收支有关的收付渠道、主体、方式以及外汇收支申报方式等统统发生了较大变化，从而大大增加了外汇收支管理和监测的难度。
1. 跨境电商通过非正常渠道收付汇。目前，对跨境电商企业收付汇管理总体上沿用一般贸易管理方式，但在实际操作中难以按照一般贸易外汇管理规定实现收付汇。由于跨境电商具有产品种类多、价值低、订单零散、发货频次高等特点，交易双方往往无正式合同、发票等凭证，同时受前述的国检、国税等部门的管理政策限制难以进行进出口报关，因此实际中，跨境电商交易多采用邮包快件进出口的方式将商品直接邮寄到消费者手中。此类邮寄物品数据不纳入海关统计，那么电商企业无报关单、合同、发票则无法在银行办理货物贸易收付汇。在实际交易中，跨境电商通过离岸账户、个人分拆、地下钱庄等渠道实现资金收付和结售汇。
2. 外汇收支主体一致的监管原则受到冲击。跨境电商交易形式多样，交易链上涉及的主体众多，包括电子商务平台、电商企业和个人、银行及境内外支付机构、外贸交易综合服务企业、物流企业等，货物流与资金流主体相分离的现象较普遍，这对货物贸易外汇管理遵循的“谁出口谁收汇、谁进口谁付汇”主体监管原则提出挑战。目前，伴随跨境电商贸易分工的细化，越来越多的中小电商企业专注于跨境电子商务销售环节，而将出口报关、报检、运输等中间环节外包给性贸易综合服务企业。外贸综合服务企业以自身名义报关但实际货款由国内委托方自行与境外结算，或者由外贸综合服务企业代委托方结算但报关主体为委托方自身，这两种方式都会导致委托方和外贸综合服务企业两个主体的货物流与资金流不匹配。
3. 监管数据获取不全。从货物流来看，目前电商主要通过邮包邮寄商品，此类商品的进出口未纳入海关进出口货物统计，外汇局无法取得相应数据。另外，通过成都跨境电商公共服务平台报关数据以及跨境电商企业反映的报关情况和货物贸易外汇监测系统的报关数据比对，发现海关增设的“1210”数据尚未纳入货物贸易外汇监测系统的采集范围，“9610”数据虽已纳入货物贸易外汇监测系统的采集范围，但存在采集不全的问题。从资金流来看，目前国际收支交易编码仅有“122030 未纳入海关统计的网络购物”，对于纳入海关统计的网络购物没有对应交易编码，其资金收付通常申报在“121010 一般贸易”项下，外汇局无法从资金角度评价跨境电商业务发展状况。此外，对于从事跨境电子商务的个人主体，目前通过网络跨境购物或对外销售商品时，只要收付汇金额不超过等值5 万美元，可直接通过个人储蓄账户收结汇或售付汇，超过5 万美元时也常采用分拆方式办理，导致外汇局无法获取对应的收付汇数据。
4. 跨境电子商务具有大数据特征。跨境电子商务数字化、多边化、广泛关联等交易特点深刻地体现出了大数据的一些特征，对传统的监管模式造成了冲击，既诱发了管理问题，也对管理模式的转变提出了新的挑战。首先，跨境电商交易数据量大，数据信息呈爆发式增长。海量的跨境电子商务数据扩充了核查管理、监测分析的基础，也对数据管理、数据处理提出了更高的要求。其次，交易数据多样，数据来源广泛。从数据类型上讲，除传统的进出口报关货物流和外汇收支资金流数据外，跨境电商“单一窗口”平台还可采集到商品的完税、质检、订单、物流配送、交易主体等交易链上的关联信息。要求监管部门能够对这些数据进行有效的整合与共享，拓展监管视角、丰富监管手段。后，跨境电商数据复杂关联，数据价值提取难度高。跨境电子商务所产生的收支、进出口、订单、物流、质检、税务申报、交易对手等信息蕴含巨大的商业价值，只有对这些数据进行大数据分析技术处理，才能够为企业（个人）“画像”，让企业准确地掌握交易对手的交易行为、商品喜好、市场需求等，从而通过网络向消费者准确推送商品广告或改进企业产品。
从外汇监管的角度上看，如果通过跨境电商实现的每一笔交易（含进出口报关、收支申报、商品订单、物流、税收、交易对手等信息）都能够关联上企业（个人）代码，则通过大数据分析技术不仅能够实现对监管对象货物流与资金流匹配情况的自动识别与预警，还能进一步挖掘企业或个人的主要交易对手、交易商品类别、税收等信息，通过数据可视化技术呈现出以被监管企业（个人）为中心的交易动态网络图，辅助监管，找出异常主体。